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为探明彩虹明樱在中国沿海的系统地理发生关系和遗传多样状状况，本文采用形态学多元分析方法结合微卫星标记和ITS分子标记对采自连云港(LYG)、崇明(CM)、宁德(ND)、岱山(DS)、慈溪(CX)、乐清(YQ)这6个自然海域的彩虹明樱蛤种群开展研究。结果表明，运用聚类分开、判别分析和主成分分析这三种多元分析方法，通过测量其巧个形态学数据，发现宁德和乐清两群体的形态相似度最高，形态差异最大的是宁德群体与崇明群体，同时，判别分析的结果显示，6个地区群体相互之间的形态差异明显；从52个微卫星标记中筛选出其中17个扩增效果理想的引物进行荧光标记通用引物套式PCR扩增和毛细管电泳分型，表明彩虹明樱蛤群体遗传多样性较高，经AMOVA分析，4.70％的遗传变异来自于群体间，95.30%来自于群体内，遗传差异主要发生在群体内；因乐清群体的ITS无法扩增，测定了其余5种群205个个体的ITS部分序列，759bp的ITS基因含有545个简约信息位点，变异位点682个，125个单突变，基因的多样性比较丰富。遗传分化与系统聚类与微卫星分析结果一致，说明中国沿海彩虹明樱蛤的遗传分化不显著，遗传多样性较高。