生物多样性质量关系到国家的生态安全和人类社会的生存和发展。然而，目前用于评价生物多样性的指数，如Patrick、Simpson、Shannon-Wiener及Pielou均匀度等指数，都没有考虑生态系统中存在的外来入侵种以及消失的原生种的状况，忽略了被评价系统中物种的来源和性质等这些十分关键的因素，实际上只是测度了生物多样性的数量，而没有将生物多样性质量定量地评价出来。因而常常会导致一些错误的结论，对实际工作造成误导乃至导致损失。但是，如何定量评价生物多样性的质量，国内外还缺乏相应的研究文献。本文提出区系次生度(F)和生态次生度(E)等指标，用于定量反映生态系统中存在的外来入侵种的种类和数量及消失的原生种的种类和数量的百分比，以便更加客观、真实地评价系统的生物多样性质量，为实践中的生物多样性保护和管理提供可靠的依据。本文定义区系次生度(F)是生态系统中已经存在的外来入侵种及已经丧失的原生种的种类的百分比，它只与这些种类的种数有关而与它们的植株数量的多少无关， 即F=[(a/(b1+a)+b2/(b1+b2)÷2]×100％.同时，本文生态次生度（E）由系统中外来入侵种的重要值与系统中现存每个种的重要值之和的比值，以及由系统中已经丧失的原生种的重要值与系统中曾经拥有的原生种的重要值之和的比值构成，即E=[{(i∑i=1)Ai/(m∑i=1Bli)+i∑i=1Ai+(n∑i=1B2i)/(m∑i=1Bli)+n∑i=12i }]÷2最后，通过在滇西北研究的实例分析，说明引入这些新指数的合理性和必要性。