【摘 要】
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P型糖蛋白(P-glycoprotein,P-gp)是一类重要的转运酶,涉及到许多重要的生物过程,例如脂类和甾体的跨膜运输,Hiv蛋白酶及逆向转录酶抑制剂的摄入等。尽管P型糖蛋白如此重
【机 构】
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北京化工大学化工资源有效利用国家重点实验室,生命科学与技术学院,北京,100029
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P型糖蛋白(P-glycoprotein,P-gp)是一类重要的转运酶,涉及到许多重要的生物过程,例如脂类和甾体的跨膜运输,Hiv蛋白酶及逆向转录酶抑制剂的摄入等。尽管P型糖蛋白如此重要,但是可靠的P型糖蛋白底物预测的模型却很匮乏。因此我们通过全面搜集P型糖蛋白底物和非底物的化合物数据,建立了一个含有332个化合物的数据库用于建模研究。基于支持向量机方法建立了一系列具有良好区分效果的分类模型,同时使用5重,10重和留一法交互检验对模型进行验证,并选取最优模型。最优模型对测试集的预测正确率高达88％,且优于之前报道的模型,这也表明了所建立的P型糖蛋白底物预测模型具有良好的区分底物和非底物的能力。
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