林木种质资源具有基因丰富，遗传多样性复杂的特点，但是许多天然优良基因尚未被分离利用，大部分基因的功能仍处于未知状态，特别是近年来，随着全球气候的日益变迁，造成天然林木种质资源加速丢失，大量的优异基因一去不复返。因此，如何从林木种质资源中发掘出新的目标基因是新世纪植物遗传育种所面临的最大挑战之一。本文对林木种质资源新基因发掘的研究进展进行了概述，从最初的仅依靠表型性状的分离比例进行基因鉴定，到现在的基于植物基因组学的新基因发掘，大大提高了新基因发掘的速度，同时，在总结前人经验的基础上，提出了新基因发掘的技术路线和发掘方法。但是，由于林木生长周期长，且多为异交物种，遗传背景复杂，遗传负荷大，遗传图谱的构建困难等原因，对于林木种质资源新基因发掘，主要应用比较基因组学的方法。我国林木比较基因组学研究起步较晚，但发展十分迅速，目前，林木比较基因组学研究主要集中于杨柳科(Salicaceae)、松科(Pinaceae)、蔷薇科(Rosaceae)、壳斗科(Fagaceae)和金缕梅科(Hamamelidaceae)的一些树种中。除此之外，还有基于基因组全序列进行比较基因组学研究的方法，该方法可以分辨小到一个单碱基置换的差异。但是，到目前为止，只有毛果杨Populus trichocarpa、毛竹Phylostachys heterocycla、挪威云杉Picea abies、胡杨(Populus euphratica)、白云杉(Picea glauca)、火炬松(Pinus taeda)的全基因组完成了测序。获得林木全基因组序列需要巨大的人力、物力和财力，因此，基于基因组全序列进行比较基因组学研究的方法具有一定的局限性。林木种质资源新基因发掘是林木遗传育种、科学发展和生物技术产业的创新源头，但是，我国的新基因发掘起步较晚，研究水平远远落后于发达国家，并且已鉴定的基因大多是与林木材质形成、开花调控和抗旱相关的基因，但抗冻、抗病虫害、抗环境污染等方面的研究还很薄弱，特别是缺少对速生、优质、抗逆等优良特性的乡土树种的发现和挖掘，直接造成了与林木优质高抗相关的主效基因的匮乏。因此，这就要求我们在进行林木种质资源新基因发掘时，要优先针对重要性状，建立核心种质，进行深入的表型组学(phenomics)研究，以期发现目标基因，为人们的生产、生活服务；同时，用核心种质做材料，构建cDNA文库，使我国丰富的林木种质资源库变成真正的基因库，这将对我国林木种质资源的收集、利用与保护起到巨大的推进作用，从而促进新的“绿色革命”(即少投入、多产出、保护环境)在中国实现。