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社区基本用药零差率政策是社区卫生服务运行机制改革的重要内容，实施社区基本用药零差率在当前医疗卫生改革的大背景下，具有重要的现实意义。然而在改革过程中出现了一些亟需解决的问题，严重影响了药品零差率政策运行的效果，文章旨从药品零差率补偿机制、约束机制及配套政策三个角度展开讨论，并提出相关建议，为各地实施社区基本用药零差率运行机制改革提供参考。