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由于吉林、黑龙江两省近年来籽用南瓜连年大面积种植，夏、秋两季多雨低温，病害有逐年加重趋势。目前，籽用南瓜的主要病害有疫病、病毒病、白粉病和细菌性斑点病等，其中疫病经常给南瓜造成毁灭性灾害，其次是病毒病和白粉病。随着籽用南瓜面积的不断扩大，重、迎茬现象严重，有些病害还会继续发生，必须提前加强病害的防治工作。