采用巢式设计构建蛤仔(Ruditapes philippinarum)家系,通过REML法估计了4种模型下蛤仔养成期90、300和330日龄壳长的遗传力,对不同模型进行比较并选出最优模型。通过最优模型估计育种值,并对表型值选择法和育种值选择法进行了比较。结果表明,移入土池时各家系平均壳长协变量是重要影响因子,共同环境效应影响较小,综合分析得出模型ABC为最优模型,其在90、300和330日龄的遗传力估计值分别为0.264、0.020和0.363,共同环境系数分别为0.116、0.376和0.098。对表型值选择法和育种值选择法比较的结果表明,表型值选择法均优于育种值选择法。对家系选择时,在90、300和330日龄,家系相同率分别为66.67%、75%和66.67%,表型值选择的家系平均壳长比育种值选择高7.30%、2.28%和5.81%。按10%的留种率对个体选择时,在90、300和330日龄,个体相同率分别为54.17%、59.72%和52.78%,表型值选择的个体平均壳长比育种值选择分别高27.08%、29.19%和16.27%;按1%的留种率,相同率则分别为12.50%、37.50%和37.50%,表型值选择比育种值选择的平均壳长高39.86%、39.81%和23.23%。