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利用来源于9311（籼稻）与日本晴（粳稻）杂交后代衍生的遗传背景为9311的染色体片段代换系群体，分析其在大田正常、低氮和低磷条件下的单株有效穗和单株产量的差异。结果表明，低磷、低氮胁迫对单株有效穗和单株产量影响较大。代换系对低磷和低氮的反应存在明显差异。在低氮（磷）水平下共检测到26个单株有效穗和单株产量片段或QTL，以及12个相对单株有效穗和相对单株产量QTL。源于日本晴的等位基因均呈减效作用。低磷和低氮下共同检测到5个导入片段影响单株有效穗或单株产量。而大部分（约81％）QTL只在单胁迫处理下被检测