【摘 要】
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目的 通过生物信息学分析鉴定宫颈癌(cervical cancer,CC)的潜在诊断、预后基因.方法 下载GEO数据库中GSE90738数据集和TCGA数据库中的宫颈癌转录组数据用于生物信息学分析.使用R软件中“Limma”包分别鉴定GSE90738数据集和TCGA数据库中宫颈肿瘤组织与宫颈正常组织间的差异表达基因,使用Venny识别出共享差异基因并使用R软件“clusterProfiler”包进行共享差异基因的GO富集分析和KEGG信号通路分析.使用STRING数据库和Cytoscape软件筛选Hub基
【机 构】
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新疆医科大学公共卫生学院,乌鲁木齐830017;新疆医科大学医学工程技术学院,乌鲁木齐830017
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目的 通过生物信息学分析鉴定宫颈癌(cervical cancer,CC)的潜在诊断、预后基因.方法 下载GEO数据库中GSE90738数据集和TCGA数据库中的宫颈癌转录组数据用于生物信息学分析.使用R软件中“Limma”包分别鉴定GSE90738数据集和TCGA数据库中宫颈肿瘤组织与宫颈正常组织间的差异表达基因,使用Venny识别出共享差异基因并使用R软件“clusterProfiler”包进行共享差异基因的GO富集分析和KEGG信号通路分析.使用STRING数据库和Cytoscape软件筛选Hub基因.采用单因素Cox回归分析和多元逐步Cox回归分析识别和构建预后Hub基因风险标识(HGRS).通过GEPIA2工具进一步验证Hub基因的转录表达情况.采用受试者工作特征(receiver operating char-acteristic,ROC)曲线、Kaplan-Meier曲线分析评估HGRS对宫颈癌诊断及预测价值.结果 总共识别出了319个上调共享差异基因和167个下调共享差异基因.染色体分离和细胞周期是主要的生物学过程.确定了可能与宫颈癌的发病机制高度相关的16个基因.通过多元逐步Cox回归分析构建由4个基因[包括CENPM(HR:0.633,95％CI:0.421～0.952)、ANLN(HR:1.753,95％CI:1.241～2.476)、CHAF1A(HR:0.573,95％CI:0.338～0.970)、HELLS(HR:0.604,95％CI:0.325～1.124)]组成的HGRS,Kaplan-Meier生存曲线表明HGRS的高风险组相较于低风险组总体生存较差(P<0.001);ROC曲线显示HGRS预测宫颈癌的1年AUC为0.67(95％CI:0.53～0.81),3年AUC为0.72(95％CI:0.64～0.81),5年AUC为0.76(95％CI:0.66～0.85).结论 通过整合生物信息学分析鉴定了4个Hub基因,这些Hub基因可能是宫颈癌早期诊断的潜在分子生物标志物.
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动脉粥样硬化( atherosclerosis,AS)是一种以动脉内膜斑块为特征的血管类疾病.据统计,AS是导致我国严重心血管疾病的常见病理因素之一[1].对于AS的发病机制,动脉内膜内皮细胞损伤是导致AS的始动环节,因此对与内皮细胞相关物质参与AS机制的研究较多.而研究发现AS与血管平滑肌细胞( vascular smooth muscle cells,VSMCs)表型变化亦存在密切关系[2].
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