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目的：探讨Gene-xpert快速检测系统在青南地区（玉树、果洛、黄南）耐多药结核病诊断中的价值。方法：对青海省第四人民医院住院的355例结核病患者（藏族347例、汉族5例、回族3例）的痰、脑脊液、支冲液、胸腹水等标本进行Gene-xpertMRT/RIF系统结核分枝杆菌DNA及利福平耐药性检测。结果：初治患者利福平耐药率4.6%（15/327），复治患者利福平耐药率7.1%（2/28）。结论：Gene-xpertMRT/RIF在青海三南地区耐多药结核病诊断中应用具有较高的临床应用价值，且方法简便、快速。