高生产力的农业生态系统，是通过以种植制度为中心的合理耕作，控制与管理而实现的。在对农业生态系统进行控制与管理过程中，应密切重视以下几点。
　　 1.以生态的动态平衡为基础
　　 所谓生态的动态平衡，就是生态系统内，生物群体与其对应力量（彼此互助或互相排斥的生物、物质或环境）之间，通过制约、转化、补偿、交换等作用，互相影响和制约，使各自保持一定的数量，达到一定程度的暂行平衡状态。只有生态平衡才利于高产、稳产。环境的改变、物质的输出输入、技术措施的实施以及收获等，都应视为对生态系统平衡的压力。当这种外界压力超过生态系统的负载能力，即超过忍耐极限（阈限）时，生态平衡便被破坏，生态系统即将发生改变。如压力在阈限以内，生态系统还可通过自动调节而修复。
　　 要稳产和持续增产必须保持生态平衡，而创高产又必须打破原有的、低水平的生态平衡，建立新的、高水平的生态平衡，这是矛盾的统一。现代化的合理耕作制，是在维护生态系统平衡的基础上，在不断打破低水平生态平衡的同时，建立高水平的生态系统的平衡，即以动态的、发展的观点去对待生态平衡。不应搞在一个水平上“团团转”的平衡，应该搞“螺旋上升”式的动态的生态平衡。前者属于落后的耕作制，后者才符合科学种田的要求。
　　 2.维护生态系统的稳定性
　　 生态系统结构的相对稳定，有利于不断提高生态系统的机能和生态平衡。实行多种经营综合治理，比单一的农业经营结构复杂、营养层次多、食物链长，因而生态系统的自动调节和修复能力（即稳定性）强，抗御灾害的能力也就增强，能够争取连年稳产。建立合理的耕作制有利于维护生态系统的相对稳定性。
　　 3.以调节生态系统结构和机能为中心
　　 生态系统的结构与机能是生态系统的重要特性，是生态系统生产力的决定性因素，因而也是控制、管理生态系统的中心问题。
　　 对农业生态系统而言，就是农、林、牧、副、渔的合理安排和山、水、林、田、路的综合治理问题。核心是看能量转移，物质循环途径是否合理，是否将更多的能量、物质纳入到作物利用的轨道上来。农业生态系统的机能，就是提高生物对资源适用和利用的轨道上来，也是养地的大问题。农业生态系统的机能，是从提高农业生态系统的结构与机能入手，使用地与养地密切结合起来。
　　 4.以培肥地力，扩大物质循环为途径
　　 一个开放式的农业生态系统，在物质、能量循环转移过程中，如何扩大、加大流通量，使土壤有能力将更多的物质供给作物，促进作物生产出更多的有机质，再连同投放的社会资源，以更多的物质还给土壤，扩大物质循环。循环扩大了，地力和产量才能得到不断提高。扩大物质循环途径是多方面的。
　　 4.1利用农牧间的物质循环关系 农业和畜牧业在营养物质的转移上存在着三种关系：供求关系、连锁关系、限制关系。处理好这三种关系不仅使农、牧互相促进发展，系统内物质循环也不断扩大，土壤肥力不断提高。
　　 4.2利用农林之间的物质循环关系 由于森林有改善气候、保持水土、净化环境和代替作物秸秆作燃料从而增加秸秆还田等作用，它可以使作物生长量增加，在土壤中循环的物质也多了，因而有利于生态系统内的物质扩大，从而有利于提高地力。
　　 4.3耕地与非耕地之间的物质转移关系 可通过在非耕地上种牧草、绿肥或放牧等途径，间接将非耕地的土壤生产力，转移到耕地上来。
　　 4.4合理利用农副产品，扩大物质循环 不同的作物对土壤肥力的影响不同，而同一种作物由于利用的方式不同，对在生态系统中物质循环的影响也不同。例如：花生、大豆、油菜是养地的油料作物，有根瘤固氮，能够增加土壤氮素。油菜虽没有根瘤菌，但其根系溶化磷的能力很强。如果在榨油后将饼作饲料，变成粪肥归还农田，将秸秆直接还田或做饲料后变成粪肥还田，则这些作物从土壤中吸收的物质几乎都还给了土壤，从而利于提高土壤肥力。
　　 对作物农副产品的利用，也要从生态系统平衡，用地与养地相结合的角度，加以合理地、科学地利用，以扩大生态系统内的物质循环，不断培肥地力。