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图论是以图为研究对象的数学分支，是一门研究事物对象在图表示法中的特征与性质的学科。鉴于RNA二级结构在功能基因组研究中的重要地位，已发展了用二维图解表示法描述RNA二级结构。文章介绍了用于RNA二级结构图解表示法的两种图，即树图和对偶图的构造规则。并在树图表示基础上产生Laplacian矩阵和相应本征值谱。以有害突变预测和类RNA模体设计的例子，说明图论在RNA二级结构中的应用，同时对可能存在的一些问题做了讨论。