【摘 要】
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目的 通过生物信息学技术分析慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者肺泡巨噬细胞(AM)差异表达基因(DEG)及其在COPD发病中的可能作用.方法 下载基因表达数据集(GEO)数据库中COPD患者AM
【机 构】
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安徽中医药大学研究生院,安徽合肥230012;安徽省中医药科学院中医呼吸病防治研究所,安徽合肥230031;安徽中医药大学第一附属医院呼吸科,安徽合肥230031
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目的 通过生物信息学技术分析慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者肺泡巨噬细胞(AM)差异表达基因(DEG)及其在COPD发病中的可能作用.方法 下载基因表达数据集(GEO)数据库中COPD患者AM研究芯片和测序数据,应用R软件中limma和Degseq2包获取差异表达基因,并通过基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析、蛋白质相互作用分析(PPI)及关键基因(hub基因)分析,预测DEG可能参与的分子生物学机制.结果 通过整合3个数据集,共获得AM的43个DEG,功能预测发现43个DEG主要与趋化因子、细胞因子、补体、细胞色素P450等相关,其主要涉及显著低表达的CXC趋化因子配体9(CXCL9)、CXCL11等及显著高表达的细胞色素P450家族1亚家族B成员1(CYP1B1).结论 COPD患者AM的DEG与免疫和炎症的分子机制相关,可能参与COPD慢性炎症的发病机制.
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