基于日本深度访谈的文本数据,本文从自我评价和合作伙伴评价两个角度出发,探讨日本的大学、公共研究机构及企业在产学研合作中存在的问题,并进一步比较分析合作方的公认问题以及在合作意识、合作效率和成果处理方面的认知差异.研究结果表明:产学研合作协调员不足和合作成果评价不完善是大学、公共研究机构及企业公认的重要问题,并且存在以下认知差异:①在合作意识方面,追求利益最大化的企业与大学、公共研究机构看待产学研合作的观念不同,大学和公共研究机构倾向于开展长期合作的基础研究,企业则倾向于开展有速度感能够商业化的短期合作;②在合作效率方面,产学研合作方对经费、资源的理解存在分歧,以至于很难形成稳定的研究体系,影响了产学研合作效率;③在知识产权处理方面,大学、公共研究机构及企业对于合作成果的价值及利益分配的认定存在分歧,主要表现为大学和公共研究机构倾向于以论文发表形式对研究成果进行公开,企业则为了维持竞争优势倾向于不公开.