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天麻作为我国名贵中药材,具有良好的药用价值.《中国植物志》中将天麻分为红天麻(原变型)Gastrodia elata f.elata、乌天麻G.elataf.glauca、绿天麻G.elata f.viridis、黄天麻G.elata f.flavid和松天麻G.elata f.alba等5个变型,其中红天麻与乌天麻的天麻素和多糖含量均较高,为栽培的优良品系.目前市场上流通的天麻商品多为红天麻、乌天麻或杂交天麻,但其传统性状鉴别特征并不明显,无法快速、准确区分.该研究旨在建立一种能够高效、准确鉴别红天麻、乌天麻及其杂交天麻的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)方法.根据天麻重测序结果,筛选获得特异性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)变异位点,并利用变异位点设计2对特异性引物W291-F/W291-R和H255-F/H255-R.分别采集红天麻、乌天麻及其杂交天麻样品,建立并优化PCR鉴别方法,并对其耐受性和适用性进行考察与验证.使用特异性引物H255-F/H255-R、退火温度为48℃、循环数为33时,红天麻与红乌杂交天麻在255 bp处出现单一明亮条带;使用特异性引物W291-F/W291-R、退火温度为51 ℃,循环数为31时,乌天麻与红乌杂交天麻在291 bp处出现单一明亮条带.建立的特异性PCR方法可准确鉴定红天麻、乌天麻及其杂交天麻.