野生花生全基因组抗病相关 LOX 基因的生物信息学分析

来源 :山东农业科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sbtakkd521
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脂肪氧合酶(lipoxygenases,LOX)是生物体内一种重要的双加氧酶,其在植物发育以及响应生物和非生物胁迫时发挥重要作用。本研究从 Arachis duranensis 和 Arachis ipaёnsis 两个野生花生基因组中各鉴定出18个 LOX 基因,分别命名为 AdLOX1~18和 AiLOX1~18。在 AdLOX5、AdLOX7、AiLOX8和 AiLOX18基因的CDS 序列中发现提前终止翻译的终止密码子,而 AiLOX9基因的 CDS 序列过短,推测这些基因可能是假基因。染色体定位
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摘 要:Clp蛋白酶是一种ATP依赖的丝氨酸型蛋白酶,广泛存在于原核和真核生物中,在生物抗逆胁迫中发挥重要作用。为分析花生中Clp基因的情况,我们构建了花生叶片转录组数据库,通过生物信息学手段鉴定出28个Clp基因,分别位于花生A组野生种的9条染色体上;聚类分析表明,花生的28个Clp基因分别聚到已报道的ClpB、C、D、X、P、R和S 7个亚类中。利用花生耐盐突变体(S2)和对照(S4)构建了盐