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为了在GPU上实现允许k-差别近似串匹配并行算法,并进一步提高在GPU上的算法性能,在综合考虑GPU的存储层次前提下,采取了多种访存优化措施,并提出了避免bank冲突的解决方案。测试结果表明,所用优化措施及方案使算法性能明显提高。
基于GPU实现允许k-差别近似串匹配并行算法
【摘 要】
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为了在GPU上实现允许k-差别近似串匹配并行算法,并进一步提高在GPU上的算法性能,在综合考虑GPU的存储层次前提下,采取了多种访存优化措施,并提出了避免bank冲突的解决方案。测试结果表明,所用优化措施及方案使算法性能明显提高。
【机 构】
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广西大学计算机与电子信息学院
【出 处】
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广西大学学报(自然科学版)
【发表日期】
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2011年02期
【基金项目】
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广西自然科学基金资助项目（桂科自0832059）
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