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针对智能电网建设中通信网络数据安全问题，结合智能电网通信网络特点，提出一种将电网频率信息应用于实时交互数据认证的方法。针对电网实时频率检测网络进行频率水印建模，利用分数阶傅里叶变换在发送的数据中嵌入频率水印，根据嵌入的水印对接收的数据进行安全认证。分数阶傅里叶变换分散了嵌入信息在传统时频域的能量分布，安全性好。仿真与实验结果表明，基于分数阶傅里叶变换的频率水印嵌入算法具有较高的安全性，并对常规的噪声攻击、低通滤波攻击和下采样攻击具有抵抗能力。