【摘 要】
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目的:通过二代测序技术对紫杉醇作用下T细胞淋巴瘤细胞株Jurkat基因表达谱进行计算生物学分析,以在基因层面探讨紫杉醇抗T细胞淋巴瘤的可能分子机制.方法:采用CCK-8法确定紫
【机 构】
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广西医科大学第一附属医院血液内科,广西南宁530021
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目的:通过二代测序技术对紫杉醇作用下T细胞淋巴瘤细胞株Jurkat基因表达谱进行计算生物学分析,以在基因层面探讨紫杉醇抗T细胞淋巴瘤的可能分子机制.方法:采用CCK-8法确定紫杉醇作用于Jurkat细胞的IC50,应用二代测序技术获得紫杉醇作用Jurkat细胞后基因表达谱,同时从GEO数据库中筛出与人T细胞淋巴瘤相关的基因芯片数据(其中包括720例T细胞淋巴瘤和153例正常对照组织),结合测序数据结果二者取交集并筛选差异表达基因(DEG);使用DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,确定和可视化DEG的功能条目,并绘制DEG的蛋白质相互作用网络图.使用RT-qPCR验证基因的表达水平.结果:CCK-8结果显示紫杉醇对Jurkat细胞抑制率有明显的浓度依赖性;紫杉醇作用于Jurkat细胞48 h后进行转录组测序(RNA-seq),对RNA-seq和GEO芯片中的基因,以P＜0.05,|log2(FC)|≥1为DEG筛选标准,共发现351个DEG,其中包括323个上调基因,28个下调基因;GO功能注释及KEGG通路富集分析结果表明,紫杉醇抗T细胞淋巴瘤的作用主要富集在蛋白质异源二聚活动、核小体装配以及癌症中的转录失调信号通路等;RT-qPCR基因表达结果与测序结果一致,验证本次测序的可靠性.结论:紫杉醇可以通过上调JUN基因和孤儿核受体NR4A家族基因以及组蛋白家族基因来影响T细胞淋巴瘤的增殖和凋亡.
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