【摘 要】
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为调查广东省猪丁型冠状病毒(PDCoV)的流行情况,本研究对2012年～2016年采集的420份猪腹泻病料样品进行RT-PCR检测,并对其中一株PDCoV(PDCoV/CHGD/2016)进行全基因组扩增、测序
【机 构】
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华南农业大学兽医学院,广东省动物源性人兽共患病预防与控制重点实验室
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为调查广东省猪丁型冠状病毒(PDCoV)的流行情况,本研究对2012年～2016年采集的420份猪腹泻病料样品进行RT-PCR检测,并对其中一株PDCoV(PDCoV/CHGD/2016)进行全基因组扩增、测序及遗传进化分析。RT-PCR检测结果显示,PDCoV的阳性率为13.33%,PDCoV/猪流行性腹泻病毒混合感染率为5.95%。基因测序显示PDCoV/CHGD/2016全基因组长度为25 419 bp。全基因同源性分析显示PDCoV/CHGD/2016与3个中国病毒株(PDCoV/CHJXNI2/2015、CHN-JS-2014、CHN-HB-2014)的同源性最高,达99.4%,与两个泰国病毒株的同源率最低,为97.4%;S蛋白氨基酸同源性分析显示,PDCoV/CHGD/2016与其它PDCoV株间的同源率为95.9%～99.3%,其中与PDCoV/CHJXNI2/2015同源率最高,与泰国株的同源性最低。全基因组序列和S蛋白氨基酸序列系统进化树结果表明,PDCoV/CHGD/2016与PDCoV形成一个小的分支,亲缘关系相近,而与鸟丁型冠状病毒亲缘关系较远。本研究为后续PDCoV的诊断防控、病毒学研究提供参考和数据依据。
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