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本文针对智能变电站时间同步系统进行研究分析。首先提出了智能变电站时钟同步的配置要求，并对同步时钟系统的组成结构进行了分析。其次对比分析了智能变电站常用的对时方式；阐明了对时系统在直采直跳、网采网跳不同保护功能实现方式下对保护装置的影响。最后结合案例，分析了智能变电站中同步时钟对综合自动化功能实现的影响。