水稻基因结构分析与预测建模

来源 :华中科技大学学报：自然科学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：lt13770509399

【摘要】

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将水稻基因结构预测问题划分为基因级、元件级和特征级等多个层次上的一系列较简单子问题，分析了各特征与序列C＋G含量之间的依赖关系，通过采用从简单到复杂逐级优化的策略建立了

【作者】

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周艳红朱建丽马闯程遥

【机构】

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华中科技大学生物信息与分子成像湖北省重点实验室

【出处】

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华中科技大学学报：自然科学版

【发表日期】

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2008年4期

【关键词】

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基因结构预测水稻基因组 C+G含量多级优化 prediction of gene structure rice genome C＋G content

【基金项目】

：

国家自然科学基金资助项目（90203011,90608020）,教育部新世纪优秀人才支持计划资助项目（NCET-060651）,国家科技基础条件平台资助项目（2005DKA64001）.

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将水稻基因结构预测问题划分为基因级、元件级和特征级等多个层次上的一系列较简单子问题，分析了各特征与序列C＋G含量之间的依赖关系，通过采用从简单到复杂逐级优化的策略建立了不同序列C＋G含量的水稻基因结构模型，设计了基因结构寻优的动态规划算法，开发了水稻基因结构预测软件Rice-GenePRE．采用测试数据集OsSNG550对该软件进行测试的结果显示：RiceGenePRE在核苷酸、外显子和基因水平上的预测效果均优于水稻基因结构预测系统FGENESH．

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