《蓝色骨头》本是崔健2005年专辑《给我一点颜色》的主打歌，现在变成了电影。在影片中，这首歌以四种曲风贯穿始终，但这并不是一部摇滚电影，而是一部关于存在，关于生命状态以及生命态度的电影。
　　崔健对《蓝色骨头》的概括言简意赅：“一首歌，两代人，三个故事，四个唱法。”如果以时空为轴，影片讲了两代人的故事，一个现代，一个70年代，一个是父母的故事，一个是儿子的故事。在崔健的视野里，空间并不是对称的，也不以时间为轴，它甚至可以个体生命为单位，格格不入地存在于某种看似不合时宜的时空。所以，在父母的故事里，又分化出一个父亲的故事，一个母亲的故事，他们在时空的绞肉机中，作为两个平行体，支离破碎地存在着。
　　在70年代的故事里，导演并没有用任何笔墨来描摹父母的恩爱，相反，他把克制的笔墨都用来构架父母的“不爱”——父亲在暗夜里突然回“家”，将儿子从母亲身边强行接走，母亲持枪追出不慎摔倒，走火打碎了父亲胯下的蛋。在这个故事里，并没有讨论父亲的性格，甚至连人格都未触及，只隐性交代了一个连母亲的都不知道的身份——特工。
　　导演把母亲的爱留给了与父亲无关的其他男人。一位是高干子弟，他让母亲接触到了那个年代一般人接触不到的音乐，并把她送进了艺校。在艺校，母亲遇见了改变她命运的两位帅哥，结果是，她欣赏的男人对她毫无性趣，而她又与这个男人心仪的帅哥发生了关系。各种爱情的可能像青春的野火，转眼又被历史掐灭。因为母亲写的那首歌，与时局格格不入的《迷失的季节》，断送了三位年轻人所谓的美好前途。那时候她还不是母亲，而是举国数一数二的美女。
　　儿子的故事将我们带回当下，他原本是个封闭在自我音乐世界的网络黑客，为了父亲的手术费，答应替老板包装他那毫无潜质的情妇女歌手。儿子的故事并没有太大魅力，也不是电影主诉，它不过是用来打开时空之门的钥匙。对了，他还有个与中华谐音的名字——钟华。
　　母子和父子都没再出现在同一现代空间中，却又充斥着宿命的基因——父亲表面上为领导开车，其实是个不可示人的特工，儿子同样有地下音乐人和黑客双重身份，不敢以真身示人；母亲爱音乐，儿子又在音乐中追寻自我，试图保持个体时空的独立性。三个生命个体，像不同层级的“盗梦空间”，独立而又关联着。
　　影片风格鲜明，且大量使用文学象征和隐喻、跳跃与留白。故事开篇不久，就直接让母亲一枪射飞了父亲的蛋，父亲成了个阉人，被那个时空所阉割。为了营造悬念，崔健先让父亲的裆部中弹，然后才在后来的段落里分别作枪支和夺子的双线解读，循循善诱，故事的厚度渐次拉开。最后让老父的癌扩散的依旧是那个受伤的蛋，其实病理并不在肉身，而在于时代后遗症——无法再婚、用枪指着“老领导”分钱，皆紧密关联。片末父亲循着英雄之河溯游而上，屎尿都在野地，一向洗澡不脱内裤、从不赤裸示人的他脱了个精光，坦然迎接死亡，像来到人世之初。如果说母亲身上投映的是时代断层，父亲身上则是时代遗留的病灶。
　　海报上写着：“我的父亲是特工，我的母亲是美女，我是一个黑客……”不无因果轮回的意味，也是两代人隔空对话的哲学基础——因为首长儿子，所以艺校母亲；因为嬉皮士，所以《迷失的季节》；因为司机，所以近水楼台；因为枪支，所以蛋碎……因为父母的过去，所以现在的我，因为过去的不自我，所以现在的自我。