大规模粒子团簇识别分析

来源 :计算机工程与科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：bpsend

【摘要】

：

团簇识别是分子动力学数值模拟数据后处理团簇分析中的一个共性问题.面向JASMIN粒子数值模拟程序输出的可视化数据,设计实现了团簇识别并行算法与团簇分析并行工具.工具提供

【作者】

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沈卫超曹立强夏芳

【机构】

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中物院复杂电磁环境实验室,北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心

【出处】

：

计算机工程与科学

【发表日期】

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2013年11期

【关键词】

：

团簇识别团簇分析并行后处理 cluster identification cluster analysis parallel post-pro

【基金项目】

：

中国工程物理研究院科学技术发展基金项目（2013A0403020）,国家高技术研究发展计划资助项目（2012AA01A309）,国家自然科学基金资助项目（61170310）

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团簇识别是分子动力学数值模拟数据后处理团簇分析中的一个共性问题.面向JASMIN粒子数值模拟程序输出的可视化数据,设计实现了团簇识别并行算法与团簇分析并行工具.工具提供了三种并行模式：时间维并行、空间维并行、时空维混合并行.使用基于PIC网格加速的广度优先搜索算法,通过虚拟网格片索引直接在多网格片数据上实现团簇识别.团簇分析并行工具应用在千万粒子规模的实际数值模拟数据时具有很好的并行扩展性.

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