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我国是一个农业大国，经济法制特别是农业经济法制建设在整个法制建设中占有重要地位。种子的制度建设和实施是农业经济法制建设中最重要的组成部分。然而，目前转基因棉花种子市场依然存在体制不完善、制度不健全、运行不顺畅、监管不到位、农民权益保护难落实等问题。通过揭示我国转基因棉花种子市场所存在的诸多问题，考察种子市场法律体系在条款设计、执法体系和普法机制等方面的现实状况和存在的不足，寻找完善我国转基因种子市场规制、保护农民权益的有效路径．以保障种子市场的持续稳定和有序发展。