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序列密码一直是密码学中重要的加密方式之一，本文在基于混沌组合序列密码设计的基础上，提出了一种组合序列密码复杂度的计算与分析方法，利用此种计算与分析方法可对混沌组合序列密码的复杂度进行比较，并可进行高复杂度序列密码设计，有效增强序列密码抗破译性。在本文中根据此方法对组合序列密码进行设计，并基于FPGA实现，该组合序列密码具有良好的自相关特性，可应用到信息安全及保密通信设备中。