基于刚毛柽柳转录组测序的EST-SSR标记识别与开发

来源 :草业科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：dongmeizi1988

【摘要】

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表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)能为植物适应环境提供分子基础。通过对5个不同样地刚毛柽柳(Tamarix hispida)进行转录组测序、组装及比较,共识别出该物种1187个多态性E

【作者】

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李佳彬黄蕾张雅楠贾媛媛田芸芸张雷党振华

【机构】

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内蒙古大学生态与环境学院/蒙古高原生态与资源利用教育部重点实验室/内蒙古草地生态学重点实验室,内蒙古大学生命科学学院/牧草与特色作物生物技术教育部重点实验室,内蒙古自治区林业科学研究院,内蒙古大青山森

【出处】

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草业科学

【发表日期】

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2021年4期

【关键词】

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刚毛柽柳高通量测序 EST-SSR 标记开发功能注释

【基金项目】

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国家林业和草原局林业科技发展项目(KJZXSA2019047),内蒙古自治区自然科学基金(2020MS03005)。

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表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)能为植物适应环境提供分子基础。通过对5个不同样地刚毛柽柳(Tamarix hispida)进行转录组测序、组装及比较,共识别出该物种1187个多态性EST-SSR位点。其中,三核苷酸重复数目最多(54.42%),其次是二核苷酸重复(37.66%)。分别有500、176和211个EST-SSRs位于829个转录本的编码区(CDSs)、3′非翻译区(UTRs)和5′UTRs中;AGC/GCT、AT/AT和AG/CT重复类型的EST-SSRs分别在各基因区域内出现频率

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