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针对船公司合作运输问题,以联盟总运输成本最小化为目标,考虑船公司间运输任务的重新分配,借鉴合作博弈中核心法的概念构建了船公司合作运输集装箱的成本优化模型,并结合核心法的特征设计了适用于该问题的遗传模拟退火算法,算例验证了上述模型与算法的适用性和有效性。结果表明,考虑核心条件的船公司合作问题能同时满足集体合理性和个体合理性的要求,有利于船公司合作的稳定。