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引起肺部感染的真菌有多种，而念珠菌、曲霉菌、隐球菌、卡氏肺孢子菌和毛霉菌等5种真菌在临床上较常见，是本文讨论的主要内容。肺部真菌感染的诊断方法大致包括以各种呼吸道标本涂片、培养为主的微生物学检查、胸部影像学检查、以G-试验、GM-试验、隐球菌乳胶凝集试验等为代表的血清学诊断方法和以巢式多聚酶链式反应（polymerase chain reaction，PCR）、实时荧光PCR及基因芯片为代表的基因诊断方法。