基于小麦条锈菌基因组序列筛选简单重复序列标记

来源 :浙江大学学报(英文版)(B辑:生物医学和生物技术) | 被引量 : 0次 | 上传用户:fternally
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目的:筛选得到多态性好、扩增稳定的条锈菌微卫星标记,以期更好应用于小麦条锈病菌的群体遗传学研究。n  创新点:基于条锈菌基因组设计了100对候选简单重复序列(SSR)引物,最终筛选得到20对多态性好并且扩增稳定的微卫星标记。n  方法:基于条锈菌100个组装序列用Primer 5软件设计了100对 SSR引物用于检测来自7个国家的32个菌系,最终筛选得到20对较好的微卫星标记(表2)。n  结论:基于基因组序列筛选得到的20对微卫星标记将会在小麦条锈菌群体遗传研究中得到广泛应用。“,”Puccinia stri formis f. sp. tritici (Pst) is the obligate biotrophic fungus responsible for stripe rust wheat. In this study, we developed and characterized 20 polymorphic microsatel ite markers from the genomic sequence of an isolate of Chinese Pst race CY32. Polymorphism at each simple sequence repeat (SSR) locus was determined using 32 Pst isolates from 7 countries. The number of al eles varied from 2 to 7 across isolates, and the observed and ex-pected heterozygosities ranged from 0.33 to 0.97 (mean 0.62) and 0.23 to 0.73 (mean 0.51), respectively. As expected the genomic SSR markers were more polymorphic than the expressed sequence tag (EST)-SSR markers developed previously. These markers will be more useful for population genetics and molecular genetics studies in Pst.
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