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目的对2008年广州地区手足口病病例进行病原体检测。方法临床诊断为手足口病病例的粪便、咽拭子或肛拭子标本752份,首先采用荧光定量PCR筛选出总肠道病毒阳性的标本,再分别使用CA16和EV71型的特异引物进行RT—PCR检测。结果总肠道病毒阳性率为8.78%,CA16阳性率为2.26%,EV71阳性率为2.53%。阳性率较高的地区为人口密集区,年龄为2~5岁,男性略多于女性,接触者的阳性率约为患者的一半。结论分子生物学方法可用于手足口病的病原体检测、EV71和CA16分型以及接触者的排查,有利于感染者的早