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军事系统研究属于交叉学科,是军事科学与系统科学融为一体的科学研究分支。军事系统研究的基本方法是系统分析,综合方法是系统评估,应用方法是系统优化。军事系统研究要遵循科学、辩证的方法论原则,要坚持知彼知己、内在联系和持续发展的原则,要避免机械系统论和定性与定量的绝对化。军事系统研究要重点关注体系研究的总体问题、体系中的"中枢"问题和关系全局的"瓶颈"问题三大战略问题。