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高通量代谢组学研究的一大难点在于数据的处理和分析。为分析和处理此类数据,各种生物信息学工具应运而生。这些工具能够对复杂高维的数据集进行预处理、物质鉴定、统计分析和结果解释等。该文以代谢组学数据处理与分析的整体流程和方法为基础,对现阶段一些常用的代谢组学全功能软件进行归纳整理,并对4种代表性软件作详细介绍和对比,为代谢组学研究提供工具选择和方法学参考。