在现行税收征管制度下，物流企业总揽分包运输和仓储等业务，存在着事实上的营业税重复纳税问题。国家税务总局在物流企业法律地位尚未明确，企业身份难以界定的情况下，积极寻求目录管理的试点方式。
　　
　　2007年，中国物流与采购联合会和国家发展改革委经济运行局开展了物流税收试点企业问卷调查，并召开了“部分物流税收试点企业座谈会”。
　　通过与国家发改委经济运行局、中国物流与采购联合会等单位积极沟通，依靠行业协会和有关单位摸底推荐，组织专家认定，实行网上公示，选择试点企业，开展物流企业营业税差额纳税试点。试点一年多来，取得了阶段性成果。
　　一是直接减轻了试点企业由于营业税重复纳税造成的税务负担。调查中有17家试点企业提供了按同口径同比计算当年减少重复纳税的统计数据。
　　二是支持了试点企业经营发展。许多企业反映，实施试点以后，依托政府的支持，促进了企业购建经营基础设施和设备，提高了扩大经营规模的积极性，增强了企业实力。当然，企业经营发展较快具有多方面的因素，但减少重复纳税，减轻税赋是重要原因之一。
　　三是增加了税收总额。税收试点企业通过减少重复纳税，进一步促进了企业的良性发展。
　　四是体现了政府对物流业发展的政策支持。营业税重复纳税，是多年困扰物流行业发展的重要问题，企业反映强烈。试点政策实施以来，促进了物流外包和物流专业化发展，受到业内高度评价和普遍欢迎。
　　在充分肯定试点成效的同时，物流税收试点企业也提出了试点工作中需要进一步明确的主要问题。
　　1．关于“所属企业”的认定问题。国税发[2005]208号文提出了“纳入试点名单的物流企业及所属企业”的概念，但对“所属企业”没有明确界定，许多试点企业的分支机构和控股机构因此不能全面享受试点政策。如，上海佳吉快运有限公司在全国设立了1100多个经营网点，拥有自备车辆1000多台，并利用2000多台合同车辆和外雇车辆，年营业额达18.6亿元，但仍有22%的独立核算分公司享受不到国家赋予总公司的试点政策。
　　2．关于“仓储费”的界定问题。国税发[2005]208号文规定：“试点企业将承揽的仓储业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他仓储合作方的仓储费后的余额为营业额计算征收营业税。”但没有对什么是“仓储业务”和“仓储费”明确界定，如，仓库的租赁费用和营运、管理、维护费用，在仓储环节完成的装卸、搬倒、分拆、加工、包装、信息服务等。由于对此缺乏明确界定，各地在执行中不易掌握。
　　3．关于营业额减除项目凭证管理问题。国税发[2005]208号文规定：“营业额减除项目支付款项发生在境内的，该减除项目支付款项凭证必须是发票或经税务机关认可的合法有效凭证”。现在的问题是，我国公路运输总量中大部分为个体运输车辆，组织化程度低，流动性大，不能够方便地取得合法有效凭证，而又确实是公路货运市场的“主力军”。试点企业因凭证缺乏，无法实行营业额减除项目的确定，使试点的效果大打折扣。个体司机开展运输业务开票难的问题是目前全国比较普遍的问题，由于缺乏监管体系与便捷方便的代开票服务，导致“卖发票、假发票”现象突出。一方面国家税款流失严重，另一方面诚信守法的企业享受不到应有政策。
　　4．货代业务减除的问题。有企业反映，货代代开票纳税人从事联运业务的，支付给其他联运合作方的各种费用，目前还不能列入营业额减除项目。还有部分物流企业提出了自有铁路专用线的运营收入不能够开具运输业发票的问题。
　　5．伴随营业税发生的附带税种的减除问题。部分企业提出当运输业发票采用差额纳税后，附加的印花税、防洪基金、副食品价格调整基金等仍然按全额纳税。