【摘 要】
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分析云南松转录组中的SSR位点信息的分布及其序列特征,为SSR引物的开发做前期工作.从80 000条转录组Unigene序列中,搜索到2 455个SSR,出现频率为3.07%,分布的平均距离29 kb.S
【机 构】
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西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室,国家林业局西南地区生物多样性保育重点实验室,西南林业大学西南山地森林保育与利用省部共建教育部重点实验室
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分析云南松转录组中的SSR位点信息的分布及其序列特征,为SSR引物的开发做前期工作.从80 000条转录组Unigene序列中,搜索到2 455个SSR,出现频率为3.07%,分布的平均距离29 kb.SSR以三、二核苷酸占优势,分别占总数42.73%和27.25%,而以四核苷酸的较少,仅占总数的0.98%.重复片段长度12~25 bp,其中近90%的集中在12~20 bp,平均16.09 bp.AT/AT与AGC/CTG和AAG/CTT为二、三核苷酸优势重复基元,分别占基元总数的16.66%、9.65%和8.39%.从2 899对引物中随机挑选32对引物用于检测,24对成功扩增.云南松转录组SSR位点出现的频率较高,分布距离较近,基元类型丰富,重复次数较高,具有较高的多态性潜力.云南松转录组产生的Unigene是开发SSR的有效来源,获得的SSR引物可为云南松种质资源的遗传变异研究提供更多的标记.
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