《中华人民共和国物权法》第136条首次以物权立法形式确立建设用地分层使用权制度。由于确立该制度的法律规范过于原则,目前尚无相关配套规则出台,致使建设用地分层使用权制度仍被束之高阁,尚未充分发挥其立法价值。地铁建设目前在全国各大城市方兴未艾,然而地铁建设用地、地铁设施及附属物业无法获得物权确权登记,充分反映出建设用地分层使用权制度在实施过程中面临着诸多亟待解决的问题。南京市人民政府及南京地铁公司通过不断的摸索,创新性地将建设用地分层使用权制度作为彻底解决相关问题的方法和途径,实现了建设用地分层使用权制度由二维空间向三维空间的立体化迈进,并基于此确定了三维登记制度的基本方向,对我国城市建设中的土地综合开发利用具有引领和示范意义。我国对建设用地分层使用权制度的立法完善也应从这几个方面入手。