陈宝箴是著名史学大师陈寅恪的祖父，晚清的湖南巡抚，主政一省，思想开明。戊戌变法中，在保守落后的湖南厉行新政，其开风气之功被后人所铭记。但陈宝箴只能算作清王朝的能臣和循吏，作为开明臣子，在光绪帝的变法中尽一个地方官员的责任而已。与变法潮头中的康、梁的思想有本质上的不同，甚至在张之洞的授意下，抑制和打压康、梁的思想，以致在后期引起光绪皇帝的不满和责备。但陈宝箴的确是专制王朝中一个忠诚正直、有操守、有原则的臣子，其为人恭谨谦抑，可谓晚清的一代名臣。
　　陈寅恪在言及戊戌变法的思想源流时，有语云：
　　当时之言变法者，盖有不同之二源，未可混一论之也。咸丰之世，先祖亦应进士举，居京师，亲见圆明园干霄之火，痛哭南归。其后治军治民，益知中国旧法之不可不变。后交湘阴郭筠仙侍郎嵩焘，极相倾服，许为孤忠闳识。先君亦从郭公论文论学，而郭公者亦颂美西法，当时士大夫目为汉奸国贼，群欲得杀之而甘心者也。至南海康先生治今文公羊之学，附会孔子改制以言变法，其与历验世务欲借镜西国以变神州旧法者，本自不同。故先祖先君见义乌朱鼎甫先生一新《无邪堂答问》驳斥南海公羊春秋之说，深以为然。据是可知余家之主变法，其思想源流之所在矣。
　　一句话，陈宝箴是体制内的改革派，也就是补天派。他们的变法动机来于王朝衰败后被列强欺辱的残酷现实。焚烧圆明园的干霄之火强烈地刺激了他的民族自尊心，要重振天朝大国之雄风，改变积贫积弱的现实，必须向西方学习，试行西方的良法。因此，开矿、修铁路、架电线、练兵用西式武器、办学、办报等一干举措都是为了使清王朝强大起来，他们对君主的忠诚，对制度的维护，对几千年纲常伦理的认同是不可动摇的，因此对于平等、民权等近代思想是抵拒的，而抵拒最力、视如仇雠的当属时任湖广总督的张之洞。陈宝箴是张之洞的属下，陈虽然温和一些，但二人的思想观念并无不同。
　　陈宝箴之温和在于他主政湖南赞同变法维新，因此有时务学堂之設，同意聘请梁启超来学堂为总教习，支持湖南学政江标办《湘学报》宣传新思想，转变保守的士绅风气。但变法维新在张之洞和陈宝箴等官员的思想里是有尺度的。这是张之洞和陈宝箴们安身立命之本，也是多年来传统教育和由士而仕的人生之路所形成的价值观，是一点儿也动摇不得的。这个“红线”简单地说就是三纲五常。举凡一切动摇三纲五常的新思想和新观念他们都是不能容忍的。当张之洞在《时务报》上发现梁启超的文章中有“放巢流彘”一语，就连连大呼“人人惊骇，恐遭大祸”，发电陈宝箴、黄遵宪，指示立即对报纸进行整顿和补救。“放巢”者，出于“成汤伐桀，放于南巢”，即残暴的夏桀王被殷汤所灭，流放到南巢。“流彘”，来于“流王于彘”，指的是周厉王暴虐，不准人们说话，杀死议论朝政的人，国人暴动，把他流放到彘地。“放巢流彘”是用历史典故说明统治者如残暴失德，不仅会殃及国民，而且会祸及自身。但在张之洞的眼里，如同秃子讳言“光”和“亮”，说到暴君、昏君，无论文章语境如何，都被看作对当代君主的影射。而这是绝对不被允许的。出于谨慎和对上司的遵从，陈宝箴自然也会对言论严加管束。张之洞、陈宝箴与康、梁的对立，不完全是因为思想和学术的争端，而是政治立场上的对立。在陈宝箴主政的湖南，有张之洞这样一个严厉的“思想警察”，《湘学报》的言论空间更加逼仄，生存更加艰难。张之洞不断地发电给陈宝箴、江标和继任学政徐仁铸，指斥报上所发的“不当言论”。他明确指示，不许《湘学报》发表康有为所谓“素王改制”的言论，他在1897年8月9日致湖南学政江标的电报中说：“《湘学报》卷首即有‘素王改制’云云，嗣后又复两见。此说乃近日公羊家所说，创始于四川廖平，而大盛于广东康有为。其说过奇，甚骇人听。”其后又指示说：“且《湘报》系阁下主持刊播，宗师立教，为学校准的，与私家著述不同。窃恐或为世人指摘，不无过虑。方今时局多艰，横议渐作，似尤以发明‘为下不倍’之义为亟……可否以后于《湘报》中勿陈此义。”之后，他再发电陈宝箴，强调他的话“于世道学术甚有关系”。语气之重，似乎不容辩驳。
　　张之洞为什么反对康有为的学说呢？他的幕僚陈庆年于张之洞发电前一天即8月8日的日记中道出真情。其晚，张之洞招幕僚们于八旗会馆聚饮，宴散后于小亭观月，众人围坐，张之洞说：“康长素主张素王改制，自谓尊孔，适足诬圣。平等、平权，一万年做不到，一味呓语云云。反复详明，三更始散。”张之洞所仇恨的是康有为学说中的“平等”和“平权”思想，认为其将动摇君主专制制度。陈宝箴在回电中表示，他和江标会遵从张的指示，将对报上的有关言论“刊误奉报，无俟再商”。此时在南京的谭嗣同听到《湘学报》朋友向他通报的消息，对此极为愤慨，他在私信中云：“湘信言，南皮（张之洞）强令《湘学报》馆改正素王改制之说，自己认错，而学使不敢不从。南皮辞甚严厉，有揭参之意，何其苛虐湘人也。湘人颇为愤怒，甚矣！达官之压力，真可恶也。”但张之洞以他达官之地位，又被时人称许为学林中人，自愿承担起“思想警察”的责任，对言论的管制愈益严厉。如他认为上海《时务报》刊发有梁启超“不当言论”，即发电湖南，禁止湖南发行该期报纸。湖南学政江标去职后，继任学政徐仁铸赴任过鄂，张之洞对之大谈其对《湘学报》的不满，至1898年5月6日，他下令湖北禁订《湘学报》。5月11日，他致电陈宝箴，指斥《湘学报》（改名《湘报》）“其偏尤甚”，某篇文章“十分悖谬，见者人人骇怒”。又督责陈宝箴：“公主持全湘，励精图治，忠国安民，海内仰望。事关学术人心，不敢不以奉闻，尤祈……留心救政。”最后表示，要把他的大作《劝学篇》送过去，以“正人心，开风气”。陈宝箴对张之洞完全让步，他的对策也相当极端，索性下令“删去报首议论”。一张报纸如果没有议论，则是没有主张、没有思想，完全成为一种资料和信息汇编，等于阉割了报纸的生命。但张之洞是陈宝箴的上司，陈没有理由不服从。
　　尽管如此，陈宝箴在湖南仍以开明著称。总体来说，他在张之洞与康、梁以及湖南本地开拓进取的青年才俊之间采取了折中的立场，尽量保护维新思潮，以促变湖南士绅的保守风气。如黄遵宪因保护《时务报》梁启超等人，已失去张的信任，甚至被视为政治异己，但陈宝箴对黄遵宪仍信任有加。然而陈宝箴与维新领袖康有为之间的思想分歧也是难以弥合的。1898年7月12日，他给光绪帝上疏，请求将康有为的《孔子改制考》一书版本自行销毁。考虑到光绪帝对康有为信任有加，他在奏疏中措辞极为委婉： 　　臣尝闻工部主事康有为之为人，博学多才，盛名几遍天下，誉之者有人，毁之者尤有人。誉之者无不俯首服膺，毁之者甚至痛心切齿，诚有非可以常理论者。臣以为士有负俗之累而成功名，亦有高世之行而弋虚誉。毁誉不足定人，古今一致。近来屡传康有为在京呈请代奏折稿，识略既多超卓，议论亦颇宏通，于古今治乱之源，中西政教之大，类能苦心探讨，阐发详尽，而意气激昂慷慨，为人所不肯为，言人所不敢言，似不可谓非一时奇士。
　　这段话似在肯定康有为，但言语之间也在告诉光绪帝，康是个争议很大的人物。争议的核心在于康所著《孔子改制考》：
　　其著为此书，据一端之异说，征引西汉以前诸子百家，旁搜曲证，济之以才辩，以自成其一家之言，其失尚不过穿凿附会。而会当中弱西强，黔首坐困，意有所激，流为偏宕之辞，遂不觉其伤理而害道。
　　陈宝箴否定了康有为的著作，指出其为“穿凿附会”的“偏宕之辞”，当此“中弱西强，黔首坐困”的艰难时世，它的危害在于“伤理而害道”。康有为著作里的什么东西让陈宝箴们如此痛心疾首呢？
　　其徒和之，持之愈坚，失之愈远，嚣然自命，号为康学，而民权平等之说炽矣。甚或逞其横议，几若不知君臣父子之大防。
　　伟哉康有为！在如此万马齐喑、大厦将倾的时代，唱响民权平等之说，给黑暗沉重的千年帝国引入思想之光，爝火未熄，必将燎原！作为中国传统士大夫的陈宝箴，其内心的震动和发自本能的抵拒乃势所必然。他思想之底色乃是儒家经典和三纲五常，“君臣父子之大防”是绝不可以挑战的。或曰，陈不是开明的维新派吗？其主政湖南，不是有很多新政遭到顽固派的攻击吗？不错，这正是陈宝箴的悲剧所在。一方面忠君，决不逾越“君臣父子之大防”，闻民权平等之说则认为“伤理害道”，不可容忍；另一方面，正因为忠君，才苦心积虑为这个体制寻新路，开新法，以维护纲常之不坠。如陈寅恪所言，其祖父变法的思想源头来于郭嵩焘，郭因有出使西方的经历，其所见所闻影响了陈宝箴，才使其在同时期的官员中显得开明。但也仅仅是“开明”而已，他们是有不可逾越的底线的。其后，在张之洞的督厉下，陈宝箴渐趋保守，他关闭了“南学会”，对《湘学报》的管束愈加严格，对湖南风气影响重大的时务学堂自放假后未能再度开学。事实上，湖南的维新思潮在其主政后期已趋于沉寂。即使如此，顽固派也没有放过他。戊戌政变后，慈禧太后以“滥保匪人”的罪名将其“即行革职，永不叙用”。在同一道诏书中，在父亲任上协助变法的吏部主事陈三立也因“招引奸邪，著一并革职”。父子两人都被皇朝体制一脚踢了出去。
　　当然也有为陈宝箴抱不平的，但没有用。据时人皮锡瑞记载，他在朋友家中见到初被革职的陈宝箴：“天君泰然，一无激词。”因此被赞为有古大臣之风。横逆之来，波澜不惊，泰然处之，确实是难能的修养。但内心的苦楚和委屈又有谁人可诉呢？光绪二十四年（1898）九月廿日，正是“枫叶荻花秋瑟瑟”之時，陈宝箴和儿子陈三立乘舟沿江而下回归江西原籍，满眼烟波处，寥落此心知。当其部下黄遵宪前往船上送别时，陈宝箴“于湘舟中洒泪满袖，云相见无时”。一个年近古稀、忠于社稷的老臣，身边是刚刚死去的妻子的棺椁，还有同样被革职断了前程的儿子，其内心之悲怆何可言哉！
　　年余后，庚子事变，义和团起，洋兵入都，国事危殆，陈宝箴于闲居中愤郁难平，“忽以微疾卒”。
　　早在光绪十五年（1889），复官再任的晚清名臣王文韶向朝廷举荐陈宝箴，言及其品行时说：“该员才大而性刚，往往爱惜羽毛，有不轻寄人篱下之概，所如稍不合，辄置荣辱于度外，而其秉性忠直，感恩图报之心，固未尝一日忘也。”
　　这种浊世高蹈、超拔群侪的品格几乎是流淌在陈氏骨髓里的，化成一种高贵的基因传承后世。其子陈三立自随父归籍，知国事不可为，以诗文自娱，如清莲出尘，不染世渎。开初尚有“埋愁无地诉无天”的悲愤，转而如大江出峡，云天平阔，“凭栏一片风云气，来做神州袖手人”。但他并非超然世外，在民族大义和个人去就处仍然风骨凛然：不就袁世凯的参政议员，与投日卖国的多年好友郑孝胥割席断交。到了陈宝箴之孙陈寅恪，其祖父“才大而性刚”的人格评价可一字不易移诸其身，不仅他的学术成就和思想惠及后人，他提出并终身实践的“独立之精神，自由之思想”乃是知识分子的立身之本，如其所言，的确是“与天壤同久，共三光而永光”的。