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我国政府垂直管理制度包括整体机构垂直型、部分业务垂直型与监察督办垂直型三类，一定程度上缓解了中央政令不畅与地方保护主义，但在实施中又带来加剧部门利益与条块矛盾、损害地方政府职能完整性与容易滋生垂直部门腐败等问题。垂直管理制度的本质仍然是中央通过人事权控制地方的传统政治手段，从未来的发展趋势看，解决与完善垂直管理制度应当兼顾中央与地方利益，在宪政框架下实现中央与地方的法律分权，科学界定与划分垂直管理范围，并建立中央对地方政府及其职能部门行为的法律控制手段。