《伤寒杂病论》继承和发展《黄帝内经》医学理论主体思想,学术上即使有取于《难经》,但其所取之内容当不与《黄帝内经》主体思想、理论相抵触,《难经》的三焦与《黄帝内经》的三焦概念、本质是完全不同的,其对于三焦的认识应当主要继承《黄帝内经》观点及论述,以求统一。《伤寒杂病论》对于三焦认识更多宗《黄帝内经》之论,张仲景继承《黄帝内经》以胃为五脏六腑之本,水谷气血之海,极其重视胃气的思想,临证非常重视顾护胃气与津液,调和营卫之气,并继承《黄帝内经》所提出的三焦为六腑之一,为传化之府,与脾胃大小肠膀胱共为仓禀之本,分上焦、中焦、下焦三部,三焦主出气,营出中焦,卫出下焦,三焦敷布津液,为中渎之腑,有决渎之职的功能等观点,在谈及三焦时总离不开胃气,营卫之气,水谷津液,宗气等,其功能亦以三焦出气,主决渎之职为主。