【摘 要】
：
[目的]分析楸树叶绿体基因组密码子使用偏性,为楸树乃至梓属植物叶绿体基因组学、物种进化特征及遗传多样性分析等研究提供理论依据.[方法]利用Codon W 1.4.2及EMBOSS expiorer的cusp和chips软件对51个楸树叶绿体基因的编码区(CDS)序列进行密码子相关参数、中性绘图、ENC-plot和PR2-plot等分析,并通过构建高、低表达偏性基因库,以ENC值和RSCU值为参考标准,最终筛选最优密码子.[结果]51个基因密码子的平均GCall含量为38.48％,密码子不同位置GC含量为:
【机 构】
：
西南林业大学国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心/西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室,昆明 650224;中国林业科学研究院林业研究所/林木遗传育种国家重点实验室/国家林业和草原
论文部分内容阅读
[目的]分析楸树叶绿体基因组密码子使用偏性,为楸树乃至梓属植物叶绿体基因组学、物种进化特征及遗传多样性分析等研究提供理论依据.[方法]利用Codon W 1.4.2及EMBOSS expiorer的cusp和chips软件对51个楸树叶绿体基因的编码区(CDS)序列进行密码子相关参数、中性绘图、ENC-plot和PR2-plot等分析,并通过构建高、低表达偏性基因库,以ENC值和RSCU值为参考标准,最终筛选最优密码子.[结果]51个基因密码子的平均GCall含量为38.48％,密码子不同位置GC含量为:GC1(47.03％)>GC2(39.93％)>GC3(28.09％),说明第3位的GC并非均匀分布;ENC为34.93～56.50,平均为46.87.GC2与GC1呈极显著正相关(P0.05);ENC与GCall、GC1、GC3和N均呈显著正相关(P1的密码子共有30个,其中,以A或U结尾的密码子有29个.中性绘图分析结果显示,GC3与GC12相关系数为0.0188,二者无显著相关性,回归系数为0.143.ENC-plot分析结果显示,大部分基因偏离了ENC预期标准曲线,少数分布在预期曲线附近;有7个密码子分布在GC3含量-0.05～0.15区间,其余区间共有44个密码子,而这44个基因离ENC标准曲线较远.PR2-plot分析结果显示,落在中线上的基因较少,平面图右下方的基因分布较多,表明在各碱基使用频率方面存在偏性,即T>A,G>C.各碱基使用频率存在偏性(T>A,G>C),说明基因组密码子的偏性更多受选择效应的影响.最终筛选出7个为最优密码子UUU、CUU、CCU、AAA、GAU、CGA和GGU.[结论]楸树叶绿体基因组密码子偏性较弱,偏好使用A或U结尾的密码子,主要受选择压力的影响,受突变等其他因素影响较小.
其他文献
[目的]筛选花期耐热性强、产量水平高的水稻品种,为水稻花期耐热性鉴定与评价及应对高温热害的品种选择提供理论依据和技术参考.[方法]在人工气候室内模拟高温胁迫(高温38℃,每天处理6 h,连续处理3 d),以Y两优1号为对照品种,以相对耐热指数为评价指标,同时结合产量水平,对100个不同水稻基因型的花期耐热性进行鉴定与评价.[结果]不同水稻基因型的花期耐热性差异明显,高温胁迫下颖花结实率为3.6％～64.3％,相对结实率为9.5％～80.0％.以相对耐热指数为评级标准,耐热性级别达到1(强)、3(较强)、5
[目的]为生产出营养丰富、功能全面、风味独特的新型保健植物饮料.[方法]以广西生产的牛大力与绿茶为主要原料,配以蔗糖、柠檬酸,通过先分别浸提后混合调配的加工工艺,经单因素和正交试验,确定牛大力绿茶保健植物饮料的最佳配方,并通过产品加速破坏试验,推算出20℃下产品保质期.[结果]试验得出的牛大力绿茶保健植物饮料色泽浅黄、酸甜适口、质地均匀、风味独特,生产500mL装牛大力绿茶保健植物饮料的最佳成分添加量为牛大力20g、绿茶3g、蔗糖25g、柠檬酸0.7g.加速破坏试验推算出20℃下产品保质期为255天.经成
[目的]系统比较分析籼稻和粳稻响应孕穗期干旱胁迫的生理特性差异,以期为后续解析籼、粳型水稻抗旱能力差异的生理机制打下前期基础.[方法]以具有不同耐旱能力的籼稻珍汕97B(ZS97B)和粳稻日本晴(NP)为材料,以正常浇水保持土壤湿润为对照,孕穗期停止浇水,干旱胁迫10 d后分别检测不同处理的水稻气孔密度、气孔开放度、光合指标、蒸腾指标、水分生理相关指标、抗氧化酶活性及丙二醛含量等;干旱处理13 d后复水,统计复水10 d后水稻存活率,比较分析孕穗期ZS97B和NP对干旱胁迫的适应性.[结果]孕穗期停止浇水
[目的]分析云南省地方籼稻和粳稻的稻瘟病抗性和农艺性状差异,筛选适宜于种植区环境的优异地方稻种,为稻瘟病的抗性育种及良种选育提供理论依据.[方法]以云南地方籼稻和粳稻品种各23份为材料,利用8个稻瘟病菌株进行室内苗期稻瘟病抗性鉴定及抗瘟基因推导,并结合田间农艺性状测定结果进行综合评价,筛选出优异地方稻种.[结果]抗性频率为0.0％～25.0％、25.1％～50.0％、50.1％～75.0％和75.1％～100.0％的粳稻品种分别有4、5、6和8个,籼稻品种分别有0、4、7和12个.粳稻和籼稻接种8个稻瘟病
[目的]明确分蘖相关基因在再生稻腋芽萌发期的表达动态变化,为阐明水稻再生季腋芽发育的调控机理提供理论依据.[方法]以再生分蘖能力强的材料i21和再生分蘖能力弱的材料i89为研究对象,运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测8个分蘖相关基因在水稻头季(分蘖始期和拔节孕穗期)和再生季不同时期(头季去穗后1、24、48和72 h)的表达动态变化,并分析分蘖相关基因间及其与最大再生分蘖的相关性,筛选出与腋芽生长相关性高的基因.[结果]自头季稻稻穗收割后,材料i21和i89的再生分蘖数的变化趋势基本一致,均随着
[目的]系统比较分析含Xa23基因的籼稻品系白叶枯病抗性,为白叶枯病抗性育种及水稻白叶枯病防治等提供种子资源,同时为白叶枯病分子抗性育种提供参考.[方法]以14种遗传背景不同且含有Xa23基因的81份籼稻品系为材料,孕穗期采用剪叶接种法接种7种南方稻区白叶枯病生理小种代表菌株(FuJ、YN24、HNA1-4、GDA2、PXO86、GD1358和PXO99),接种20 d左右当参试材料的病情趋于稳定时,量取病斑长度,鉴定参试材料的抗病性.[结果]供试材料对7株白叶枯病菌菌株的抗感分析结果显示,81份品系中有
在推动有机农业发展背景下,有机肥与化肥合理搭配使用越来越重要.蚯蚓粪是一种集生物肥、有机肥、微生物菌肥等为一体的有机物,不仅可以修复污染土壤、脱臭,而且可以改良土壤、抑制土传病害,提高作物产量与品质,还可以在食用菌栽培中使用,因此作为新兴生物有机肥料受到越来越多的关注与应用.
[目的]探究外源纳米硒和亚硒酸钠对镉污染土壤中水稻的镉吸收、转运和积累的影响,为镉污染农田水稻的安全生产提供参考.[方法]采用盆栽试验,以不添加外源硒为对照(CK),设4个外源硒处理,分别为每千克土施用纳米硒0.5和2.5 mg/kg、亚硒酸钠(以硒计)0.5和2.5 mg/kg.于水稻灌浆期测定水稻剑叶叶绿素含量,收获前测定水稻光合指标,收获后测定水稻生物量、产量及水稻根、茎、叶、糙米中镉含量和土壤中镉的形态,计算镉在水稻各部位的分配率和水稻体内镉的迁移率.[结果]与CK相比,纳米硒和亚硒酸钠处理均显著
[目的]筛选稻瘿蚊(RGM)侵染下抗、感水稻材料差异代谢物,揭示水稻抗虫靶标化合物,为解析植物与昆虫互作关系及水稻害虫绿色防控提供理论依据.[方法]分别对抗RGM水稻材料GXM-001-2和易感RGM水稻材料TN1进行RGM接虫胁迫,接虫后48 h利用液相色谱—质谱联用仪(LC-MS)对RGM侵染及未侵染抗、感水稻材料的代谢物进行化学成分分析.[结果]RGM侵染下抗、感水稻材料的差异代谢物分析显示,LC-MS共检测到330种代谢物,其中155种为已知代谢物;被RGM侵染后,GXM-001-2中上调代谢物种
[目的]筛选适合南方稻谷贮藏要求的防霉剂配方,为南方稻谷贮藏提供技术支持.[方法]以当年收储、入库贮藏3～6个月的籼稻稻谷(新粮)和入库贮藏12～24个月的籼稻稻谷(陈粮)为试验材料,分析稻谷带菌总量、主要污染菌种类以及藤茶提取物、茶叶提取物、桑叶提取物、陈皮精油和丁香精油等5种植物提取物对稻谷中黄曲霉的抑制效果;以黄曲霉的抑菌圈直径为考察指标,通过Design-Expert响应面法进行南方稻谷复合防霉剂最佳配方设计.[结果]新粮稻谷样品带菌量为1.1×103～9.2×103 CFU/g,陈粮样品带菌量为