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我国的国债市场由于投资限制及市场间的物理差异等原因处于分割状态，文章利用时间序列分析中的协整理论对银行间国债指数与交易所国债指数进行了协整分析。并利用向量误差修正模型和格兰杰因果检验对两市场指数进行了领先一滞后分析。结果表明，银行间国债市场与交易所国债市场存在协整关系，具有长期稳定的均衡。就短期看，仅存在交易所国债市场对银行间国债市场的单向引导关系，交易所市场的波动具有一定外生性，且大约领先银行间国债市场二天。