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为探究定期添加有效微生物菌群(EM)对蟹鲈混养养殖水质和菌群结构的影响,实验对混养水体进行了Ⅰ期(4月10号)、Ⅱ期(4月20号)、Ⅲ期(4月30号)和Ⅳ期(5月10号)的监测,并通过水质理化指标、16S rRNA基因高通量测序技术分析了每个时期的水质和菌群结构.高通量测序结果显示,实验期间水体主要优势菌门为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、蓝细菌门,其中对照组蓝细菌门的相对丰度在Ⅲ、Ⅳ期显著高于实验组;实验组Ⅰ期最优势菌属为Limnohabitans (20.34％),其余时期皆为微小杆菌属(56.33％、38.11％、17.88％);对照组Ⅰ期最优势菌属为红育菌属(10.37％),Ⅱ期为微小杆菌属(47.67％),Ⅲ期和Ⅳ期皆为分枝杆菌属,分别为36.01％和42.27％;Sobs和PD指数显示,实验样品在Ⅰ期、Ⅱ期差异不显著,但在Ⅲ期和Ⅳ期实验组显著高于对照组.相比于对照组,添加EM的实验组在整个监测期总氮(TN)显著降低,氨氮(NH4+-N)在Ⅰ期差异不显著,在Ⅱ期、Ⅲ期和Ⅳ期显著降低.关联分析显示,总氮是对菌群群落影响程度最大的环境因子,其中添加EM实验组的优势菌属微小杆菌属与总磷(TP)呈正相关,与TN、NH4+-N、硝酸盐氮(NO3-N)、亚硝酸盐氮(NO2-N)呈负相关.本研究表明,蟹鲈混养模式下定期添加EM可以改善养殖水体水质,有效抑制蓝细菌,且显著优化菌群结构,具有显著的水体原位修复功能,实现了经济效益和生态效益的双赢,为形成典型池塘混养模式的水质原位生态调控技术奠定基础,促进我国水产养殖业的绿色生态可持续发展.