探索DNA损伤相关的遗传变异和中国人群肺癌发病风险的关系。
方法采用病例-对照研究设计，收集2003—2009年就诊于江苏省肿瘤医院以及江苏省人民医院的新发肺癌病例作为病例组，共1 341例。选取同期在相同医院或参加社区健康体检的健康人群作为对照组，共1 982名。每位研究对象采集5 ml外周血，并用同一调查问卷收集流行病学信息。运用Illumina Infinium®芯片对DNA损伤相关的35个单核苷酸变异（SNVs）进行基因分型。应用单因素和多因素logistic回归模型，计算每个位点的OR（95%CI）值。采用HaploReg V4.1和Regulome DB数据库对重点位点进行注释。
结果病例组和对照组的年龄分别为（61.06 ± 10.15）、（61.32 ± 11.07）岁，差异无统计学意义（t=-0.72，P=0.473）。病例组吸烟人数比例高于对照组（61.08%比48.54%, χ2=50.04, P<0.001），且重度吸烟者所占比例也高于对照组（42.28%比24.07%, χ2=122.32, P<0.001）。对符合质控标准的34个SNVs，在调整年龄、性别和累计吸烟剂量后，发现2个SNVs与肺癌发生的相关性的差异有统计学意义，分别为rs9267576位点的C>A变异（CA基因型/CC基因型，OR=1.56, 95%CI: 1.01~2.40）和rs3130683的A>G变异（AG基因型/AA基因型，OR=1.87，95% CI：1.13~3.09）。以rs3130683、rs9267576和其他协变量采用逐步回归法建立logistic回归模型，最终仅rs3130683保留在模型中，表明rs9267576与肺癌发生的关联可能由rs3130683的效应所致。功能注释结果表明，rs3130683位于启动子和增强子区，是人类白细胞抗原HLA-C、-DQB1、-DRB1、-DRB5的表达数量性状基因座(eQTL)。癌症基因组图谱(TCGA)数据分析结果表明，HLA-C、HLA-DQB1、HLA-DRB1和HLA-DRB5在肺癌组织中的表达水平均低于癌旁组织，分别有81.3%、88.8%、90.7%、90.7%的肺癌组织表达下调，P值分别为6.68×10-15、2.21×10-13、2.20×10-16、2.58×10-13。
结论rs3130683（A>G）变异与中国人群肺癌易感性有关，其可能通过影响人类白细胞抗原表达量影响肺癌的发生。