【摘 要】
：
多位点关联分析在人和动植物遗传研究中的应用日益广泛.本文综述了以混合线性模型(mixed linear model,MLM)为框架下多位点关联分析的主要方法及重要软件平台,包括全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)混合线性模型方法学的建立与发展,多位点模型方法的发展,多位点GWAS混合线性模型方法的发展,以及GWAS方法学研究的影响因素,最后展望了关联分析的发展方向.
【机 构】
：
南京农业大学理学院,江苏 南京210095;南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,江苏 南京210095;南京农业大学理学院,江苏 南京210095;南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验
论文部分内容阅读
多位点关联分析在人和动植物遗传研究中的应用日益广泛.本文综述了以混合线性模型(mixed linear model,MLM)为框架下多位点关联分析的主要方法及重要软件平台,包括全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)混合线性模型方法学的建立与发展,多位点模型方法的发展,多位点GWAS混合线性模型方法的发展,以及GWAS方法学研究的影响因素,最后展望了关联分析的发展方向.
其他文献
[目的]探究落叶松优良无性系生长、干形与初植密度的关系,为落叶松无性系人工林的合理经营提供科学依据,促进落叶松良种的推广与应用.[方法]以辽宁清原大孤家林场2006年营造的4个落叶松优良无性系3种初植密度(A.2.0 m×3.0 m;B.2.0 m×2.0 m;C.2.0 m×1.5 m)的试验林为研究对象,基于连年测定的树高、胸径、冠幅、树干通直度和圆满度等数据,分析遗传和密度效应对生长和干形特征的影响.[结果]4个无性系的胸径、冠幅和单株材积生长量受初植密度影响显著,随密度的减小而增大,13年生时各无
[目的]研究不同立地条件下弗吉尼亚栎(Quercus virginiana)种子中多个化学成分含量,揭示弗吉尼亚栎种子化学成分特点,以及土壤因子对其影响,为弗吉尼亚栎的开发利用提供科学依据.[方法]以弗吉尼亚栎种子为实验材料,采用分光光度法、GC-FID、ICP-MS法等测定种子中淀粉、脂肪酸、矿质元素等,运用方差分析比较地区间弗吉尼亚栎种子化学成分的差异,进一步基于相关性分析法揭示不同土壤立地条件对种子成分的影响效应.[结果]弗吉尼亚栎种子淀粉含量(质量分数)为56.59％～68.59％,支链淀粉(61
[目的]水杉赤枯病为寄主主导性病害,生态调控措施是其最佳防治策略之一.营林技术是生态调控防治病害的基础性措施.探讨营林调控技术措施对水杉赤枯病防治的效果,为赤枯病的生态防治提供指导.[方法]选择上海浦东新区绿带中的水杉纯林和混交林,采用间伐抽稀、人工透光疏枝、林间清理、施肥、松土、纯林改混交林等单因子营林措施分别开展调控试验,选择水杉纯林开展多因子营林措施随机区组综合调控试验,分析营林措施对赤枯病的防治效果.[结果]间伐抽稀、及时清理病落叶和枯死树桩以及松土,可使赤枯病病情指数有不同程度下降;轻度修剪对降
[目的]了解不同林龄榧树根、枝、叶的生态化学计量特征和内稳性特征的变化情况,为榧树的科学管理和保护提供基础数据.[方法]以浙江省诸暨市香榧国家森林公园0～100、≥100～300、≥300～500和≥500 a共4个林龄段的实生榧树为研究对象,通过野外采集榧树植株样品(根、枝、叶)和0～20 cm层土壤样品,分析不同林龄榧树根、枝、叶的碳(C)、氮(N)、磷(P)含量及其化学计量特征变化和榧树内稳性特征.[结果]不同林龄榧树C、N、P含量及化学计量特征均无显著差异,根、枝、叶的C、N、P含量均以≥300～
[目的]森林冠层导致的穿透雨和树干茎流中离子通量的季节变化,能够影响森林生态系统生物地球化学循环,对物候变化明显的温带落叶林的影响更为突出.探究不同物候期(展叶期、盛叶期和落叶期)森林水化学过程,深入了解森林生态系统养分元素循环过程,为温带落叶林生物地球化学循环提供基础数据.[方法]以东北林业大学城市林业示范基地内落叶松人工林为研究对象,在观测样地的中心位置十字交叉布设13个直径20 cm自制雨量筒,并选择5株落叶松安装树干茎流收集器,同时在林外布置1台翻斗式雨量计和3个自制雨量筒.在前期观察期(2015
[目的]土壤盐渍化是降低植物生产力、制约农业发展的主要非生物胁迫因素之一,豆科植物共生固氮菌对土壤盐渍化非常敏感,因此探讨盐胁迫下荒漠植物根际根瘤菌资源对紫花苜蓿生长及耐盐性的影响,有望为豆科植物新型复合微生物菌肥的研发和增强紫花苜蓿(Medicago sativa)耐盐能力提供理论基础和优质菌种资源.[方法]以从梭梭(Haloxylon ammodendron)根际分离得到的3株根瘤菌(WAW-10、WA30-5和WM30-21)为研究对象,探究0和300 mmol/LNaCl处理下3株梭梭根际根瘤菌对
[目的]了解近40年来丹顶鹤(Grus japonensis)在我国的主要分布情况及变化,探讨我国现阶段丹顶鹤的就地保护状况,分析丹顶鹤分布变迁的可能原因,为今后丹顶鹤的保护和研究提供理论基础.[方法]基于1976年《中国鸟类分布名录》中记述我国丹顶鹤的分布情况,通过文献查询、部门咨询等方式,系统搜集丹顶鹤的历史分布资料,将分布信息按照时间顺序进行分类,分析丹顶鹤繁殖地、越冬地分布的时空变化特征,比较不同时间阶段丹顶鹤保护区的就地保护成效.[结果]自1976年以来,我国丹顶鹤新的分布地在多个省区逐渐增加,
[目的]使用地面三维点云数据,提出一种单株树木三维网格模型重建方法,为精准获取测树因子提供技术支撑.[方法]对获取的点云进行预处理,使用k-d树构建近邻关系图,用Dijkstra算法求算出子图的根.检测出有效路径后,使用探测半径计算关键路径.计算树枝骨架,然后对初始骨架进行Bezier曲线半径平滑,得到平滑的骨架,再将骨架连接,使用半径平滑和圆柱拟合减少点云密度小造成的拟合不足的情况,能够最大限度保留树枝的细节.[结果]使用3株落叶松点云数据构建了树枝树干表面网格模型,重建了树木三维结构.将树干、树枝的三
[目的]宜溧山地是江苏植物多样性及植被保护最好的地区之一,分析江苏宜兴龙池山固定样地的物种组成及群落垂直结构等基本特征,为该区域生物多样性保护、植被恢复策略制定以及生态服务功能的评估等提供参考.[方法]按照CTFS(center for tropical forest science)的建设标准,在江苏省宜兴市龙池山自然保护区建立1 hm2(100m×100m)的森林监测固定样地.对样地内所有胸径(DBH)≥1 cm的木本植物进行了详细定位调查,并对其挂牌标记、定位和记录,并就群落物种组成、区系特征、重要
[目的]植物-土壤系统的作用机制复杂,揭示城市道路绿地植物群落正向演替的限制因子,筛选配置最优的植物群落类型,为城市道路绿化景观再设计提供数据支撑,也为城市道路绿化带土壤管护提供理论指导.[方法]以南京市大气污染程度排名前列的3条城市道路(江北大道、诚信大道和仙林大道)为研究对象,选取典型的植物群落进行实地勘察和土壤采样分析,根据植物的生活型划分群落类别(单层群落、双层群落、3层群落和4层群落),采用灰色关联度分析方法测算不同类型群落的物种多样性与土壤因子的耦合关系.[结果]随群落层次结构的增加,城市道路