采用12对有效微卫星引物对大连群体菲律宾蛤仔连续4个选育世代(F1、F2、F3、F4)的144个个体进行了遗传多样性分析。结果表明:共获121个等位基因,每个位点的等位基因数在2—6个不等,其大小在101—273 bp之间;各个世代平均等位基因数在3.75—4.58,平均观测杂合度在0.3391—0.3860之间。从F-检验结果上看,所有世代内有2个位点遗传分化较弱,8个位点遗传分化中等,2个位点遗传分化较大;配对比较Fst值(0.05—0.15)表明4个世代群体间遗传分化程度中等。Fis值表明有2个世代位点杂合度处于过剩状态;但对连续4个世代而言,每个世代均表现出一定程度的杂合子缺失。随着世代连续选育的进行,Nei氏遗传相似性逐渐减小(0.8203-0.8107-0.8031);遗传距离逐渐增大(0.1918-0.2099-0.2129);不同世代群体间遗传相似性系数为0.7873—0.8685,遗传距离为0.141—0.2391。4个世代平均PIC值为0.5055,表明选育后代遗传多样性较好,还有较大的选育潜力,可以继续进行上选。