荔枝CASP家族全基因组鉴定与表达分析

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CASP蛋白是影响植物水分向组织中渗透,并调节着皮层和维管柱之间物质运输的一个重要家族蛋白,在植物生长发育和抵抗逆境中起到了重要作用,目前在荔枝(Litchi chinensis Sonn)中尚未报道。本研究对荔枝LcCASP进行了全基因组鉴定。亚细胞定位分析显示,大部分荔枝LcCASP家族成员主要分布于质膜上。共线性分析显示,荔枝LcCASP鉴定到8对大片段复制基因。染色体定位显示,LcCASP基因分布在12条染色体上,除了Chr6、Chr7和Chr8上没有存在任何CASP基因之外,其他染色体均含有一个以上的CASP家族成员。选择压分析表明,共线性基因对Ka/Ks比值远小于1,表明基因受纯化选择。顺式作用元件显示,LcCASP含有较多光、激素和逆境胁迫相关调控元件,且69.7%基因含有MYB结合位点,猜测MYB结合位点影响植物凯氏带的形成和功能;表达分析显示,在荔枝不同组织中,LcCASP的表达具有偏好性。LcCASP26影响荔枝营养生长过程;LcCASP12、LcCASP23、LcCASP03和LcCASP25影响果皮的生长发育过程;LcCASP19主要在幼果中发挥作用,LcCASP15和LcCASP20主要在种子中发挥作用;LcCASP06、LcCASP10、LcCASP21、LcCASP31、LcCASP02和LcCASP07主要在生殖生长中发挥重要调控作用。本研究较为全面地对LcCASP家族成员进行了鉴定和分析,为进一步利用分子育种对荔枝种质创新或进行遗传改良提供参考。
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