【摘 要】
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为明确复羽叶栾树叶绿体基因组密码子的使用模式，以筛选到的52条CDS蛋白质编码序列为研究对象， 利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等获取复羽叶栾树密码子的GC、RSCU、ENC等参数，并进行中性绘图、PR2-plot和最优密码子分析。结果表明：复羽叶栾树密码子不同位置上的GC含量表现为GC1（47.27%）＞GC2（39.49%）＞GC3（29.84%），且有29个密码子RSCU＞1
【机 构】
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云南省农业科学院热带亚热带经济作物研究所
【基金项目】
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国家中医药管理局全国中药资源普查项目（GZY-KJS-2018-004）资助；
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为明确复羽叶栾树叶绿体基因组密码子的使用模式，以筛选到的52条CDS蛋白质编码序列为研究对象， 利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等获取复羽叶栾树密码子的GC、RSCU、ENC等参数，并进行中性绘图、PR2-plot和最优密码子分析。结果表明：复羽叶栾树密码子不同位置上的GC含量表现为GC1（47.27%）＞GC2（39.49%）＞GC3（29.84%），且有29个密码子RSCU＞1，其中有28个以A/U结尾，表明密码子偏好以A/U结尾。有效密码子数ENC值为36.31～61，密码子使用偏性较弱。ENC与GC3间具有极显著的相关关系，表明密码子第3 位上的碱基组成影响密码子使用偏好性。GC3与GC12间无显著的相关关系（ r = 0.198，P＞0.05），回归系数为0.2652，说明选择对密码子使用偏好性有重要影响。复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性较弱，选择为主要影响因素，同时受到其他因素的影响。最终确定CUU、GUU、AGU、GCA、CAA、CAU、AAA、GAU、CGU、CGA、GGU、GGA 等12个最优密码子。
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