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本研究对福建长乐、古雷、晋江海区裸体方格星虫自然群体91个个体的线粒体COI基因进行序列测定,并与厦门、北海、三亚3个地理群体15个个体的线粒体COI基因序列进行了比较分析。在106个个体中共发现193个核苷酸多态位点和52个单倍型,长乐、古雷、晋江海区3个地理群体中单倍型多样性指数（h）在0.626到0.972之间,核苷酸多样性（π）在0.00155到0.01325之间,表现出较高的遗传多样性。分子方差分析（AMOVA）显示1.97%的变异存在于群体内,而群体间的遗传变异为98.03%,群体间变异是总变