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目的 分析研究四倍体黄芩新品系D20和二倍体黄芩之间的遗传差异.方法 采用ISSR分子标记技术对四倍体黄芩及二倍体黄芩之间的遗传差异进行研究.结果 从100条引物中筛选得到9条ISSR引物用于正式扩增,多态性百分率为84.2％;遗传距离的变异范围是0.086 9 ～ 0.242 9,聚类分析结果将黄芩样本分为两大类,二倍体聚为一类,四倍体聚为另一类.结论 四倍体黄芩新品系D20和二倍体黄芩存在明显的遗传差异,ISSR分子标记能有效的揭示材料间的多态性.