广泛分布于喜马拉雅山脉和我国华南地区的西藏红豆杉频临灭绝，揭示空间遗传结构和物种分布变化对于理解西藏红豆杉的进化过程及其物种保护尤为重要。基于西藏红豆杉48个种群的分子变异数据，利用反距离权重空间差值方法得到遗传多样性和遗传分化分布图，识别出6个遗传多样性和5个遗传分化高值区域，这些重点区域主要位于我国南方的几个山区，这些区域在未来应给予重点保护；基于Monmonier算法识别出4条地理隔离：东喜马拉雅山脉、横断山脉、云南高原和台湾海峡；利用生态位模型模拟三个历史时期的物种分布格局，从末次间冰期至末次冰盛期，物种经历一次向高原西部的面积扩张，这与典型的冰期物种退缩模式不同；末次冰盛期之后，物种面积逐渐缩小，呈现破碎化分布。因此，地理景观特征和第四纪气候波动对西藏红豆杉遗传结构和分布格局影响很大。